L'atrio sud con la Porta da Mar venne nel Trecento trasformato in cappella sepolcrale per il cardinale Giovanni Battista Zeno (Cappella Zen). L'arco del portale del tardo Duecento è orlato da racemi abitati dalle teste (protomi) di dieci profeti e di due santi vescovi. La sommità dell'arco è coronata dalla figura del Pantocratore