Sant'Elena è un quartiere del centro storico di Venezia e ne rappresenta la porzione più orientale (prima di allora l'estremità orientale di Venezia era la Punta di Sant'Antonio, nei pressi degli attuali Giardini).Il toponimo un tempo si limitava all'isolotto dove sorge la chiesa di Sant'Elena perché gran parte della zona è di origine recente, essendo sorta attorno agli anni venti del XX secolo bonificando una sacca utilizzata per addestramenti militari e che incorporò nel tessuto urbano l'isola di Sant'Elena, prima di allora distaccata e completamente circondata dalla laguna. Il toponimo fu così esteso al moderno quartiere residenziale che sorse poco dopo.
L'isola comprende anche lo stadio Pierluigi Penzo, parte dei giardini pubblici, una darsena e la scuola navale militare Francesco Morosini.
La prima cappella dedicata a Sant'Elena Imperatrice, fu edificata nel 1028 ed affidata agli Agostiniani i quali vi costruirono accanto anche un convento. Nel 1211 giunse a Venezia da Costantinopoli il corpo stesso dell'Imperatrice, madre di Costantino il Grande, grazie al monaco agostiniano Aicardo. In seguito gli Agostiniani inglobarono la cappella in una chiesa più grande.
Nel XV secolo il convento e la chiesa passarono ai monaci Benedettini Olivetani. Un secolo dopo, nel 1515, la chiesa venne consacrata dal vescovo di Aleppo e divenne un importante centro religioso, con vaste proprietà e notevoli opere d'arte.
Sotto la dominazione napoleonica, nel 1810, la chiesa venne sconsacrata. L'urna di Sant'Elena fu trasportata nella basilica di San Pietro ed il portale rinascimentale venne ricostruito sulla facciata della chiesa di Sant'Aponal.
La chiesa venne riaperta al culto nel 1928 ed affidata all'Ordine dei Servi di Maria. Negli anni successivi l'urna di Sant'Elena venne riposta nuovamente all'interno dell'edificio sacro, fu ricostruito il campanile su progetto dell'ingegner Forlati (il nuovo concerto di sei campane fu consacrato dal Card. Patriarca Roncalli, futuro papa Giovanni XXIII) venne pure ricollocato il portale originario. Non fu invece ricollocata la pala originaria dell'Altar Maggiore che raffigurava L' Adorazione dei Magi con Sant'Elena, opera di Jacopo Palma il Vecchio, che fu trafugata in epoca napoleonica ed ora collocata presso la Pinacoteca di Brera.